Gadis Kretek menceritakan kisah cinta terlarang antara Dasiyah (Jeng Yah), peracik kretek berbakat, dan Soeraja, pewaris pabrik kretek, yang terhalang perbedaan status sosial dan peristiwa sejarah kelam, di mana anak-anak Soeraja di masa kini harus mengungkap rahasia ini sambil mencari Jeng Yah sebelum ayahnya meninggal, sekaligus menelusuri sejarah industri kretek di Jawa